在王安石和司马光两位大佬介入此案后，事情就复杂起来了。
王安石当时正在极力主张变法，而司马光却是坚决反对变法的一方，二人同时接手一个案件，自然要分个高下。王安石认为按照神宗的诏书，阿云确实不应该被判处死刑，
而他的对头司马光则认为天子犯法与庶民同罪，任何人都不能干预法律的公正性，就算是皇帝，一切都要以大宋律法为准，阿云不管有何种理由终归是故意杀人，理应判处死刑。
司马光的意见是，阿云谋杀已伤，按律应当处以死刑。
王安石的意见是，阿云有自首情节，可减刑，不当死。
御史中丞滕甫仍要请求再推选官吏评议决定。皇帝又下诏将案件送交翰林学士吕公着、韩维、知制诰钱公辅重新审定。吕公着等人的议论与王安石一致，于是皇帝制书说:"可以"。可是法官齐恢、王师元、蔡冠卿等对吕公着等人所议不赞同。于是皇帝又命王安石和法官等人共同讨论，反复研究这一案件。
本案的关键就是阿云与韦阿大的婚姻是否成立？王安石等人认为，阿云母丧未过，舅舅就将其指给韦阿大的行为，不合礼法，阿云也就不构成十恶中的谋害亲夫的大罪，阿云杀人未遂，在审讯中又如实供述，应当认定为自首，按照宋刑统，应当减刑二等，阿云就不应当判死刑。
但是司马光等人认为，阿云有杀人的故意，不管是否杀人，按照刑统，谋诸杀人者，徒三年；已伤者，绞；已杀者，斩。”阿云已伤韦阿大但未杀死他，故判阿云绞刑；同时，又阿云被问即承，应为按问（自首），按《名例律》犯罪未发已发自首条规定，阿云因谋杀致杀伤人，自首，免其所因之罪（谋杀）后，从故杀伤法治其杀伤罪，而《斗讼律》斗殴故殴故杀条规定：故杀人者，虽已杀未死，已死更生，意欲杀伤，偶得免者，并同已杀人处分，阿云杀人已伤，判斩刑；而且阿云的婚约已成，杀伤亲夫，是为十恶也，故而不能赦免。
矛盾在于：当时来说阿云守孝期间不应婚嫁，所以是不合法的。但是人们又觉得已经收了男方的聘礼就是真的夫妻了。
王安石、吕公着等人认为，阿云与韦阿大的婚约本就不合法，故而阿云与韦阿大的关系就是“凡人”，也就是一般人，阿云伤害韦阿大的行为就应当按照一般的罪名减等处罚。但是司马光他们不这么认为，他们一方面认为阿云与韦阿大的婚约是“违律为婚”，但是他舅舅既已收受韦阿大的财物，那么婚约成立，阿云的行为就属于弑夫，不当赦免。
最终神宗皇帝还是采信了王安石一方的观点，先是将阿云的死刑改成了流刑，然后又特旨将她赦免，放她归家。
司马光上任后，在悉数废除新法的同时，并没有忘记阿云之狱的争论。司马光并不敢公然废除宋神宗的敕令，只是以新皇帝宋哲宗的名义发布一道诏令：“强盗按问欲举自首者，不用减等。”实际上并没有触及阿云之狱争论的核心问题，即“谋杀已伤”是否适用自首的问题，充其量只是借此发泄自己的不满、挽回一丝颜面而已。即便如此，这一规定也遭到了质疑。时任给事中的范纯仁就认为，对“持杖强盗一律不得减等深为太重”，建议对强盗等罪“按问欲举”也应根据情节予以适用。为此，于次年又规定：“犯罪因疑被执，如因诘问，能自首服，并依按问欲举自首法。”算是为这场争论画上了句号。
当然也有野史传闻司马光复相后，令登州官府将阿云处决，不过赵佶倒是觉得司马光没这么无聊。赵佶此时将此案又提出来，让在场的诸位大臣有些诧异，当年此案可是几乎将大宋两制以上高官全部卷入了，好不容易才算得尘埃落定，怎么今日官家又提起此案来了。
刑部尚书何执中赶紧说道：“官家，此案业已结案，尘封已久，就不必再提了吧！”
赵佶笑道：“吾非是提此案，只是问问，阿云案案情简单，亦不复杂，朝堂之上，为何争论许久？”
作为当时参与过此案的吕惠卿出来说道：“昔日之争，王荆公欲慎刑，司马温公欲重刑，先帝罪疑惟轻，故赦其罪。”
赵佶笑着问道：“朝廷百官，连这么一件事实清楚的案子都不能断个明白，还需要中枢、枢密院合议，是刑统不清，还是百官连案都断不明白？抑或是别有原因呢？”
几位宰相不由的腹诽，那会不是搞党争嘛，阿云案到了后面，哪是针对这个案子，已经演变成了律敕之争，司马光的观点更符合法理，因而也得到了多数官员尤其是司法机关官员的支持。而王安石支持许遵的主张，也有他自己的目的。宋神宗继位后，打算任用王安石进行变法改革。而进行变法改革的一个重要路径，就是要突破现行法律，以君主的“敕令”推行新法。而根据敕令对案件的处理进行裁决，无疑是树立敕令权威的机会。因此，阿云之狱争论的实质，就是律敕之争。
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