11月31日，朱由校终于到达了福建。一下船，就看见福建省的大小文武官员在那里整整齐齐地站着，肯定是等候多时了。可是他左望右望就是没看见南、俞二人前来，向人打听才知道他们两个全部都已经去澎湖指挥作战了，颇有些‘将在外，君令有所不受’的架势。
在感叹于两人工作效率的同时，朱由校也不由得为自己在臣子心目中的形象表示担忧。
现在明荷澎湖之战的历史，在朱由校这只“小蝴蝶”的干扰下已经和原时空的历史大有不同。
在原历史中，这次明荷间的军事冲突从1622年一直持续到了1624年，但真正的激烈交战时间累积起来却只有八个月。这是因为澎湖岛的事情最初并没有引起明中央政府的重视。因此，自然没有上谕调兵，而是让地方政府自行处理。于是，福建地方政府决定以交涉、外交手段为主，战争为辅，希望尽可能的和平解决问题：这种情况一直持续到1624年年初。
在这期间，荷属东印度与明福建政府达成了“停火一年”、“荷方撤出澎湖”、“明方同意荷方在台湾本岛进行贸易”等初步协议。但因为荷兰的出尔反尔与其无端残害沿海中国渔民、海商的行为引发了明政府的愤怒，导致谈判破裂，战火复燃，这才开始了八个月的激战。
而朱由校可不是原先历史上的那个木匠皇帝，他可以自豪地说，除了木工行业以外自己绝对能够碾压历史上的那个前身。
朱由校一直以来就对海疆、西夷高度重视，不但在事件一开始就给了地方政府调兵权，而且将保守派的商周祚等人调任，换上了强硬派的那南居益等人，可导致相关的历史进程被大大的加速提前了。
“来人，朕要修书一封，送给南卿。”不知道朱由校龙飞凤舞的提笔之时，是否有想到自己的行为在对方眼中很可能完全就是‘常凯申队长空投手谕’呢。
而在距离大陆100多公里的地方，澎湖列岛上，战火仍在继续着。
澎湖地区虽然不大，但也着实不小，共辖澎湖本岛、牛母件屿、白沙岛、金屿、吉贝屿等64个岛屿，面积约127平方千米。本岛与白沙岛、西屿岛呈环状连接，十分适合船舶停靠，一旦在四周修建炮台与堡垒，更是易守难攻，但是毕竟全是岛屿，用水的补充就不方便，而这个问题也是明军围困方计中可以突破的重点。
可以说，彭湖的地理位置是极其重要的，因为它是连接大陆与台湾的桥梁，也是进攻的跳板。澎湖有失，则台湾不保；而相反，一旦澎湖在手，则台湾无险可守。
只要占领台湾，就可以建立对中国、日本及东南亚地区的海上交通线，并且控制中国东南沿海的各个口岸与整个琉球；更可以辐射日本九州、四国地区与吕宋群岛。
所以澎湖必须掌握在中国手里，这是朱由校在信中向南居易等人不断重复和强调的。
11月26日，明军先锋部队守王梦熊部三千人从繇吉贝进入镇海港成功登陆，当日既攻克荷军堡垒一座，随后即修筑石垒一座驻守，荷军不得不收缩防线。
28日，顾思忠率水师赶到镇海港与王梦熊汇合。明水陆两军于筑造石城同时发动攻击，进攻澎湖风柜尾城，逼荷兰军退守城内。
随后继续修筑攻势，等待着援军的到来。
31时，南居易率孙国祯、刘游击、洪际元、洪应斗等明军主力陆续前往澎湖。同时在妈祖宫制高点设置火炮阵地，准备为强攻作打算。
12月2日夜，朱由校到手墨终于到达了前线将领的手中。
“怎么样？南大人，陛下有什么指示？不会是催咱们赶快进攻的吧！”
“你这匹夫，怎能轻易揣测上意，诽谤陛下。”虽然在看到信里的内容之前，南居易也是这么想的，但他还是训斥了俞咨皋一一这家伙没大没小的，这也是能公开说的事情吗？
年轻的皇帝在大臣们心中是一个急燥的形象，总是小心翼翼的，好像天会踏下来一样。大明虽然已经无法掩盖它那衰落的气息，但也未透露出一丝亡国气象。
只要君主励精图治，国朝中兴有望啊。大家都觉得他太悲观了。
“放心吧！陛下对咱们的进展十分满意，告诉咱们不要急躁冒进，以稳为主，务必歼灭敌军，寿光复澎湖。”
“还有就是陛下命令我们，多派军舰去东面巡视，绝对不能放跑了荷兰人，更不能让他们登陆台湾。”
两人觉得这些命令多少有些名莫名其妙，但是现在大局已定，做这些事情并不会有什么影响，所以依然奉命行事。
调离了三十艘战舰在台湾海域巡视，并且派洪际元率兵3000离开澎湖，驻守台湾。
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